Die Neuzeit beginnt, je nach dem, welchen Historiker man fragt, entweder mit dem endgültigen Untergang Ostroms im Jahr 1453 als die Türken Konstantinopel, das heutige Istanbul, eroberten, mit der Entdeckung Amerikas durch Christoph Columbus 1492 oder mit dem angeblichen Thesenanschlag Martin Luthers in Wittenberg 1517. Für die Bierbrauer könnte man vielleicht ein neues Datum einführen, und zwar das Inkrafttreten des Reinheitsgebots von 1516 in Bayern, welches durch den bayerischen Herzog Wilhelm IV. erlassen wurde.

Andererseits darf man diesem Erlass auch nicht zu viel Bedeutung beimessen, schließlich gab es schon ähnliche Bestimmungen vor seiner Zeit. Ohne manche dieser Vorläufer hätte es das bayerische Reinheitsgebot von 1516 wohl erst gar nicht gegeben. So bestimmte Herzog Albrecht IV. 1483 für München, dass nur noch Hopfen, Malz und Wasser für das Bierbrauen hergenommen werden dürften. Dies sind exakt die drei Zutaten, auf die auch das Reinheitsgebot von 1516 die Bierbrauer beschränkt. 1493 zog Herzog Georg der Reiche nach und erließ für ganz Niederbayern dieselbe Regelung. Bestimmungen über das Bierbrauen, die nicht so detailliert die Zutaten regulieren wie die obig erwähnten Gebote, sind sogar teilweise noch älter: In Augsburg gab es die erste belegte Bier-Verordnung 1156, in Nürnberg 1293, in München 1363 und 1447 in Regensburg.

Im Norden übernahmen vor allem die Hansestädte das Bierbrauen im großen Stil und achteten aus eigenem Antrieb auf qualitativ hochwertiges Bier. Hamburg war im 16. Jahrhundert das so genannte „Brauhaus der Hanse“. Nicht zu Unrecht, schließlich verfügte Hamburg über 600 Brauereien; jeder zweite arbeitende Hamburger verdiente damals sein Geld direkt oder indirekt mit der Bierproduktion.

Der 30jährige Krieg von 1618-1648 sorgte in ganz Mitteleuropa für eine starke Veränderung der alten Verhältnisse. Auch die Bierbrauer wurden nicht verschont. Eher das Gegenteil war der Fall, es traf sie sogar besonders heftig. Nach dem 30jährigen Krieg waren viele Brauereien entweder durch die Gräueltaten des Kriegs gänzlich von der Bildfläche verschwunden, oder sie hatten massive Probleme an finanziell erschwingliches Getreide heranzukommen, da viele Felder nach dem Krieg brach lagen oder das geerntete Getreide ausschließlich für die Herstellung von Brot benutzt wurde. Dies führte zum Bankrott nicht weniger Brauereien.

Neben diesen Problemen war das Recht, dass jeder in seinem Zuhause für den Eigenbedarf brauen durfte, ein weiteres Hemmnis der Brauer. Zu guter Letzt sorgten die neuen Kolonien in Übersee für eine Veränderung der Konsumgewohnheiten in Europa. Kaffee, Kakao, Tee oder auch Branntwein und Rum erfreuten sich ab der Mitte des 17. Jahrhunderts großer Beliebtheit und wurden eine harte Konkurrenz für die Brauereien. Erst das 19. Jahrhundert verhalf dem Bier durch neue Technologien wieder zum Glanz der alten Zeiten.